事後報告です。
今、ステートセーブに残っているデータから遡って、終末の鍵を手に入れた所からやり直しています。封獄の塔をくぐって、異世界のモントゴメリーまで来ました。
ここで元の世界に戻ってみたのですが、何も問題なく船が存在してます。
なら、どうして前のデータで船が無くなってしまったのか？さっぱりわかりません。
今のところ、問題なくゲームクリアを目指して進められそうですが、もしまた問題が起きた場合は報告させてください。